Nie było to wówczas niczym niezwykłym, a dodatkowo otwierało to możliwość objęcia tronu po jego bracie, Maksymilianie Emanuelu, w przypadku jego bezpotomnej śmierci.
thumb|Józef Klemens Bawarski na obrazie w Pasażu książęcym przy katedrze we Freising Jako młodszy syn rodu panującego, Józef Klemens był przeznaczony do objęcia tronu po swoim wuju, księciu-elektorze arcybiskupie Kolonii Maksymilianie-Henryku Bawarskim Wittelsbachu. Arcybiskupstwo Kolonii czyli Elektorat Kolonii (niem. Kurfürstentum Köln lub Kurköln), nie mylić z dzisiejszą archidiecezją kolońską, był jednym z najważniejszych kościelnych księstw Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Jeszcze jako niepełnoletni został mianowany jego koadiutorem, ale gdy ten zmarł w 1688 r., stanowisko to powierzono Jeanowi-Louisowi d'Elderenowi, który był człowiekiem wystarczająco wiekowym, aby nie piastować zbyt długo tego prestiżowego stanowiska w Cesarstwie. Faktycznie, Jean-Louis d'Elderen zmarł po sześcioletnim panowaniu i Józef Klemens w wieku 22 lat został jego następcą. Jego powołanie na to stanowisko przez papieża Innocentego XI, popartą również przez cesarza Leopolda I Habsburga, było jedną z przyczyn wybuchu wojny dziewięcioletniej.