Zaletą jest też użycie fal o długości zbliżonej do fal podczerwonych – są one bezpieczne dla oka i nie powodują uszkodzenia tkanek.
Teoria OCT działa na zasadzie interferometrii światła białego lub niskokoherentnej. Układ optyczny zazwyczaj składa się z interferometru (zwykle Michelsona) z niskokoherentnym, szerokopasmowym źródłem światła (rys. 1). Światło jest rozdzielane na wiązkę referencyjną i wiązkę próbki, a następnie ponownie łączone. thumb|250px|Rys. 1. Układ optyczny pełnopolowego OCT. Zawiera: diodę superluminescencyjną (SLD) soczewkę wypukłą (L1), dzielnik wiązki (BS), obiektyw (CO), kamerę CMOS-DSP (CAM), obiekt odniesienia (REF) i badany obiekt (SMP). Kamera pełni funkcję dwuwymiarowego układu detektorów, a dzięki technice OCT ułatwiającej skanowanie w głąb otrzymuje się nieinwazyjne urządzenie do tworzenia obrazów trójwymiarowych thumb|250px|Rys. 2. Typowy układ optyczny konfokalnego OCT. Skanowanie strumienia światła na obiekcie umożliwia nieinwazyjne przekrojowe obrazowanie do 3 mm w głąb z rozdzielczością rzędu mikrometrów thumb|250px|Rys. 3. Rozróżnianie widm przez OCT z użyciem lasera strojonego. Układ zawiera: laser strojony (SS), dzielnik wiązki (BS), lustro referencyjne (REF), badany obiekt (SMP), fotodetektor (PD), cyfrowy przetwornik sygnału (DSP) thumb|250px|Rys. 4.