W wyniku interwencji ONZ i przegranej wojny Tshombe uciekł w 1963 do Angoli portugalskiej, a następnie do HiszpaniiAlex Axelrod, Charles Phillips Władcy, tyrani, dyktatorzy • Leksykon, Politeja, Warszawa 2000, s. 133.
Rebelia katangijskich secesjonistów została zdławiona, a ich obalony przywódca powrócił do Konga w lipcu 1964, kiedy prezydent Joseph Kasavubu powierzył mu urząd premiera w nowym rządzie koalicyjnym. Porozumiewając się z gen. Władysławem Andersem poprzez zatrudnionego przez siebie w Kongu polskiego najemnika Rafała Gana-Ganowicza, planował sprowadzenie polskich fachowców do Konga w celu przyśpieszania rozwoju kraju po długotrwałej wojnie domowej. Organizatorem kongijskiego lotnictwa był w tym czasie Jan Zumbach. Zdymisjonowany w październiku 1965 przez prezydenta Josepha Kasavubu Tshombe ponownie wyjechał do Hiszpanii, gdzie przebywał do 1967, bowiem Joseph Mobutu, który w listopadzie 1965 obalił Kasavubu, oskarżył Tshombego o zdradę stanu. Po ponownym wyjeździe Tshombego pojawiały się pogłoski, jakoby miał powrócić do ojczyzny i objąć tam władzę. W 1967 został skazany zaocznie na karę śmierci. W tym samym roku został porwany przez agentów powiązanych z SDECEJean-Pierre Langellier, Mobutu, ucieczka „Wielkiego Lamparta” w: Ostatnie dni dyktatorów, wyd. Znak Horyzont, Kraków 2014, tłum. Anna Maria Nowak, s.