Na początku 1651 zorganizował zaciąg wojsk na Podhalu i Beskidzie Żywieckim w Żywcu (z udziałem Marcina Radockiego i Stanisława Łętowskiego), posługując się rozkazami królewskimi wydanymi na nazwisko ps. „Napierski” lub ps. „Kostka” (przedtem był znany jako Aleksander Kostka ze Szternberku).

W czerwcu 1651 na czele powstańców chłopskich zajął zamek w Czorsztynie. Tam 22 czerwca wydał uniwersały skierowane do chłopów w Polsce, wzywając ich do powstania antyszlacheckiegoPiotr Greiner, Ewa Gronkowska, Ryszard Kaczmarek, Kazimierz Miroszewski, Marek Paździora Słownik historii Polski i świata, Katowice 2005, s. 125.. W odezwie zapewniał, że król Jan Kazimierz solidaryzuje się z powstańcami oraz że gwarantuje chłopom wolnośćZbigniew Łotys, Kwestia chłopska w świadomości społecznej polskiego Oświecenia, Olsztyn 2001, s. 51.. Usiłował także zwerbować wojska na Śląsku. Przypuszczalnie spodziewał się pomocy ze strony księcia siedmiogrodzkiego Jerzego II Rakoczego, która jednak nie nadeszła. Czorsztyn po dwudniowym oblężeniu został zdobyty przez wojska biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego, a przywódcy powstania, Aleksander Kostka-Napierski oraz Stanisław Łętowski, zostali pojmani, a następnie przewiezieni do Krakowa. Tam Kostka-Napierski w czasie tortur wyznał jedynie, że jest biologicznym synem króla Władysława IV.