Henryk był zwolennikiem wypraw do Maroka i ekspedycji morskich do Afryki, a Alfons chciał, aby korona ponownie oparła się o szlachtę, a nie rozgrywała przeciw niej mieszczan. Z tego powodu postanowili oni wyeliminować Piotra, którego zabito w bitwie pod Alfarrobeira w maju 1449 roku. Od tej pory rozpoczęły się samodzielne rządy Alfonsa, który jednak i tak realizował idee stryjów, dzięki którym uzyskał swobodę. Dlatego nie tylko zaangażował się w walki w Afryce, ale również pogodził dwór z wieloma rodami szlacheckimi, które utraciły łaskę podczas rządów jego dziadka Jana I.
Walki w Afryce Gdy w 1453 Turcy zdobyli Konstantynopol, papież Mikołaj V wezwał monarchów europejskich do krucjaty przeciw niewiernym. Czasy wypraw krzyżowych jednak już się zakończyły i chętnych nie było wielu. Jednym z tych nielicznych był król Portugalii, który zobowiązał się wystawić 12 tysięcy żołnierzy i walczyć z Saracenami. Kiedy okazało się, że krucjata na wschód nie wyruszy, Alfons postanowił zgromadzone wojska i środki użyć w Afryce. Wyprawa króla zakończyła się sukcesem, a wojska królewskie zdobyły w 1458 Al-Kasr-as-Saghir. Późniejsza wyprawa miała mniej szczęścia, ponieważ uległa murom Tangeru w 1463. Mimo to w 1471 zorganizowano nową wyprawę której sukcesem było zdobycie Arzili i Tangeru.