Za te działania Iona Jakir otrzymał po raz drugi Order Czerwonego Sztandaru.
Od listopada 1919 r. do kwietnia 1920 roku następnego ponownie był dowódcą 45 Dywizji Strzeleckiej. Od marca do września 1920 r., w czasie wojny polsko-bolszewickiej, dowodził kolejno Fastowską, Złoczowską i Lwowską Grupą Wojsk Frontu Południowo-Zachodniego (w polskiej historiografii grupa Jony Jakira), a ostatecznie 14 armią. Podczas kontrofensywy, jaka nastąpiła po polskiej wyprawie kijowskiej, dowodził dywizją w bitwach pod Płoskirowem i Wołoczyskami. W 1920 r. został odznaczony orderem Czerwonego Sztandaru po raz trzeci.
Dalsza służba w Armii Czerwonej mały|Iona Jakir jako dowódca sił zbrojnych Ukrainy i Krymu W latach 1921–1923 dowodził wojskami Rejonu Krymskiego Kijowskiego Okręgu Wojskowego. Początkowo był dowódcą i komisarzem 3 Kazańskiej dywizji strzeleckiej, zaś od września 1923 r. był dowódcą i komisarzem 14 korpusu strzeleckiego, zaś w grudniu tego samego roku został dowódcą sił zbrojnych Ukrainy i Krymu. Brał udział w przygotowaniu działań przeciwko ukraińskiemu wypadowi pod dowództwem gen. Jurka Tiutiunnyka z terytorium Rumunii i Polski w 1921 r. W latach 1924–1925 był szefem Głównego Zarządu Uczelni Wojskowych Armii Czerwonej (RKKA). Od listopada 1925 do maja 1937 r. był dowódcą Ukraińskiego, a później Kijowskiego Okręgu Wojskowego.