Uczestniczył w przeprowadzaniu represji wymierzonych w Kozaków dońskich (rozkozaczanie) zadekretowanych przez Komitet Centralny WKP (b).
W czerwcu 1919 r. został dowódcą nowo sformowanej w rejonie Odessy 45 dywizji strzeleckiej. Od sierpnia do października 1919 r. dowodził Południową Grupą Wojsk 12 Armii, złożoną z 45, 47 i 58 dywizjiRed. M. Suprunenko i inni, Istorija Ukrajinśkoji RSR. Tom p’jatyj: Wełyka Żowtnewa socialistyczna rewolucija i hromadianśka wijna na Ukrajini (1917–1920), Naukowa Dumka, Kyjiw 1977, s. 424.. W obliczu fatalnego stanu dyscypliny w grupie wojsk, zwłaszcza w 58 dywizji, po zajęciu przez Siły Zbrojne Południa Rosji Chersonia i Mikołajowa w sierpniu 1919 r. zrezygnował z obrony Odessy przed dużo słabszymi liczebnie (mającymi jednak wsparcie grupy okrętów) oddziałami białych. Rada rewolucyjno-wojskowa Grupy Południowej uznała, że przy posiadanych siłach niemożliwe będzie równoczesne toczenie walk przeciwko białym, chłopskim powstańcom w regionie odeskim, Armii Czynnej URL, a potencjalnie także interwencji rumuńskiej od strony Besarabii. Odessa została zajęta przez białych 24 sierpnia. Grupa Południowa pod dowództwem Jakira, okrążona przez różnych przeciwników, w trzytygodniowym marszu we wrześniu 1919 r. przemieściła się z rejonu Birzuli i Golty w kierunku Żytomierza oraz Kijowa.