5 października 1992 przegrał wybory prezydenckie z kandydatem sił niepodległościowych Lennartem Merim. Od 1994 do 2000 był przewodniczącym stworzonego przez siebie Estońskiego Związku Ludowego. W 1995 wybrano go w skład Riigikogu, którego został wiceprzewodniczącym. 21 września 2001 wybrano go na urząd prezydenta, w ostatniej rundzie głosowania pokonał Toomasa Saviego. Opowiadał się za wejściem Estonii do Unii Europejskiej oraz za udziałem jego kraju w NATO. 23 września 2006 ubiegał się o reelekcję, przegrał jednak z Toomasem Hendrikiem Ilvesem.
Był żonaty z Ingrid Rüütel, z którą miał dwie córki.
Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczenia estońskie Łańcuch Orderu Krzyża Ziemi Maryjnej (2001) Łańcuch Orderu Herbu Państwowego (2008)
Odznaczenia zagraniczne Medal Pamiątkowy 13 Stycznia (Litwa, 1992) Łańcuch Krzyża Wielkiego Orderu Białej Róży Finlandii (Finlandia, 2001) Order Orła Białego (Polska, 2002)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 12 marca 2002 r.