Formalne rozwiązywanie BCh zakończono we wrześniu 1945.

mały|Polscy rolnicy wysiedlani z Zamojszczyzny, zima 1942/1943

Rozmowy scaleniowe z Armią Krajową W okupowanym kraju Bataliony Chłopskie stanowiły poważną siłę. Stan ewidencyjny organizacji na dzień 30 czerwca 1944 r. wynosił 158 tys. ludzi. Od jesieni 1942 r. Komenda Główna Armii Krajowej zaczęła wywierać naciski na Centralne Kierownictwo Ruchu Ludowego w celu wcielenia BCh do AK. CKRL zwlekało z decyzją i dopiero pod naciskiem władz emigracyjnych 30 marca 1943 r. podpisało umowę scaleniowąJerzy Bordziłowski, Mała encyklopedia wojskowa, Warszawa 1967, t-I, s. 119..

Jednak scalenie w terenie szło bardzo opornie, głównie przez niechęć do Narodowych Sił Zbrojnych i AK. Niechęć do NSZ związana była z akcjami represyjnymi wobec mieszkańców wsi, biciem postępowych chłopów, pacyfikowaniem wsi. Jedno z pism ludowców tak pod koniec okupacji oceniało działalność NSZ: „Bandy te wszystkich swoich przeciwników dzielą na „komunistów” i „bandytów” i gdzie się daje, tam katują i mordują. Przywódcy ich rekrutują się z różnego rodzaju i typu „synków szlacheckich”, spośród „złotej młodzieży” i „niebieskich ptaków”.