Do organizacji wstępowali głównie mieszkańcy wsi, nie posiadała ona natomiast oddziałów bojowych w wielkich miastach. Komendantem głównym od 8 października 1940 r. do końca wojny był Franciszek Kamiński. Inicjatorem powołania BCh a później zwierzchnikiem z ramienia Centralnego Kierownictwa Ruchu Ludowego „Roch” był Józef Niećko „Zgrzebniak”. Szefem sztabu Komendy Głównej był Kazimierz Banach „Kamil”. Centralny organ prasowy BCh nosił nazwę „Żywią i bronią”. Negatywnie nastawiona do Narodowych Sił Zbrojnych, które obarczała za napady na chłopówKrzysztof Komorowski, Polityka i walka. Konspiracja zbrojna ruchu narodowego 1939-1945, s. 420 Lewica obawia się wzmocnienia żywiołów prawicowych, w wojsku zaś Bataliony Chłopskie odnoszą się wrogo do NSZ za liczne wypadki represji wobec chłopów..
Żołnierze Batalionów Chłopskich brali też udział w akcjach związanych z pociskami rakietowymi V-1 i V-2. Na poligonie w Bliźnie zorganizowano siatkę wywiadu wojskowego „Rocha” mającą za zadanie między innymi obserwację poligonu i wyrzutni pocisków rakietowych V-1 oraz V-2. Żołnierz BCh i AK Władysław Kabat dowodził ochroną lądowiska „Motyl” akcji „Most III” mającej na celu między innymi dostarczenie aliantom elementów rakiety V-2.