Stanowi on dopełnienie innych programów europejskich: regionalnych programów operacyjnych, które obejmują województwa, Programu Operacyjnego „Infrastruktura i Środowisko” oraz Programu Operacyjnego „Innowacyjna Gospodarka”.
Program jest realizowany w ramach Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia (NSRO) 2007–2013, inaczej Narodowej Strategii Spójności.
Historia programu W 2005 roku powstała inicjatywa utworzenia na lata 2007–2013 specjalnego funduszu dla pięciu najbiedniejszych regionów, wykazujących się najniższym PKB na mieszkańca w poszerzonej Unii Europejskiej (UE-25). Regiony te to pięć województw wschodnich. W grudniu 2005 r. Rada Europejska podjęła decyzję o przyznaniu Polsce dodatkowej kwoty z budżetu Unii Europejskiej (w wysokości 882 mln euro) dla Polski Wschodniej w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Następnie rząd RP zaproponował opracowanie specjalnego Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej.
Prace nad jego kształtem zostały powierzone Ministerstwu Rozwoju Regionalnego, które we współpracy z samorządami pięciu województw Polski Wschodniej oraz ekspertami ds. rozwoju regionalnego przygotowało projekt programu.