Gdy w tym samym roku wybuchła rewolucja, władze hiszpańskie aresztowały go jako aktywnego członka ruchu reformatorskiego. Jednak fakt, że Mabini nie mógł się poruszać, zdjął z niego podejrzenia i przyczynił się do zwolnienia go z aresztu. Po zwolnieniu odesłano go do szpitala San Juan de Dios.
Rewolucja w roku 1896 Wierząc w możliwość osiągnięcia sukcesu przez Ruch Reformatorski, Mabini początkowo nie popierał czynu zbrojnego w rewolucji z roku 1896. Jednak gdy w grudniu tego roku władze hiszpańskie wykonały egzekucję na Jose Rizalu, Mabini zdecydowanie poparł ideę powstania.
W roku 1898, w trakcie wakacji w Los Baños w prowincji Laguna, Mabini otrzymał poselstwo od Emilia Aguinaldo. Setki tysięcy tragarzy na zmianę niosły hamak Mabini'ego do Kawitu. Aguinaldo, ujrzawszy ciężki stan fizyczny współorganizatora powstania, początkowo zwątpił w możliwość współpracy.
Mabini wykazywał jednak szczególną aktywność podczas rewolucji w roku 1898, gdy pełnił funkcję głównego doradcy generała Aguinaldo. Wydawał zarządzenia i opracował pierwszą na kontynencie azjatyckim konstytucję pierwszej Republiki Filipińskiej.