Później wyjaśnił swemu bratu, że tylko rodzice zasługują na to, by całować ich ręce. Pierwsze oficjalne kontakty ze światem polityki Mabini nawiązał podczas studiów na Uniwersytecie w Santo Tomas. Zainteresował się wówczas ruchem reformatorskim i wstąpił do tajnej organizacji Jose Rizala o nazwie Liga Filipińska (La Liga Filipina), potajemnie opracowującej plany reform w administracji rządowej.
Do obowiązków Mabini'ego w organizacji należało prowadzenie korespondencji z przedstawicielem ruchu reformatorskiego w Hiszpanii, Marcelo del Pilarem – redaktorem gazety "La Solidaridad". Dzięki listom od Mabiniego, Pilar na bieżąco otrzymywał informacje o wydarzeniach na Filipinach.
Choroba i paraliż thumb|300px|Apolinario Mabini Na początku roku 1896 Mabini zaraził się chorobą Heinego-Medina, która doprowadziła do paraliżu jego nóg. Później, w okresie działalności politycznej, przeciwnicy Mabiniego wykorzystywali chorobę przeciwko niemu. Rozgłaszali nieprawdziwe informacje, że paraliż Mabiniego był powikłaniem choroby wenerycznej – zarzuty te zostały ostatecznie odparte.