Później prof. H. Zieliński wciąż wierzył, że możliwe są korekty panującego systemu, że da się pogodzić prawość i uczciwość ludzi z ideologią realnego socjalizmu. Wiara ta ulegała ciągłej destrukcji, najpierw po „odwilży” roku 1956, później po wydarzeniach marcowych w 1968, po inwazji na Czechosłowację w sierpniu tego samego roku, po wydarzeniach grudniowych w 1970, wreszcie po strajkach sierpniowych 1980.
Jego postawa w 1968 roku – zdecydowany sprzeciw wobec sterowanej przez władze PRL nagonki antysemickiej, wyrażony także na forum Senatu Uniwersytetu Wrocławskiego i udział w spotkaniach z protestującymi studentami – została oczywiście dostrzeżona przez SB i poskutkowała wkrótce przylepieniem mu, w zamierzeniu dyskredytującej, etykiety prosyjonisty, syjonisty albo „Żyda”. Wkrótce został zmuszony do opuszczenia Uniwersytetu Wrocławskiego i wyjazdu do Katowic, gdzie właśnie tworzył się Uniwersytet Śląski. Wrócił stamtąd jednak do Wrocławia po trzech latach, kiedy profesor Kazimierz Popiołek, który go poprosił o pomoc przy tworzeniu UŚ, został zastąpiony na stanowisku rektora przez Henryka Rechowicza, wysłannika Edwarda Gierka, a równocześnie doszło do konfliktów na tle niedostatecznie proletariackich programów badawczych prof.