Wskutek tej decyzji udało mu się uniknąć egzekucji z rąk NKWD w czasie zbrodni katyńskiej. W trakcie likwidacji obozu starobielskiego został wywieziony do obozu Pawliszczew Bor. Następnie był przetrzymywany w obozie jenieckim NKWD w Griazowcu. Następnie po przyjęciu obywatelstwa ZSRR w listopadzie 1940 został skierowany wraz z grupą oficerów Wojska Polskiego deklarujących chęć wspierania ZSRR do willi NKWD w Małachowce pod Moskwą, gdzie pomagał w ich weryfikacji, badaniu prawdziwego stosunku do ZSRR, a następnie selekcji pod kątem przydatności do służby w Armii Czerwonej, w której planowano utworzyć polską dywizję. Był współautorem deklaracji lojalności przesłanej na ręce Józefa Stalina w marcu 1941.
Po ataku Niemiec na ZSRR, Zygmunt Berling wraz z grupą 12 oficerów Wojska Polskiego, jeńców polskich w niewoli sowieckiej, skierował sześciopunktowy manifest do szefa NKWD Ławrientija Berii, w którym zadeklarował chęć walki z III Rzeszą u boku ZSRR dla odbudowy Polski jako republiki sowieckiej w ramach ZSRRJako członkowie jednego z narodów uciśnionych przez faszystowskiego agresora, jedyną drogę do wyzwolenia narodu polskiego widzimy we współpracy ze Związkiem Socjalistycznych Republik Rad, w ramach którego [podkreślenie – S.C.] ojczyzna nasza będzie się mogła w sposób pełnowartościowy rozwijać.