Stefan Rowecki w swoim pamiętniku pod datą Kwiecień 1939 wymienia bowiem wśród swoich prac: „moje uwagi i nacisk na najbardziej zaniedbany w dywizji 4 pułk piechoty, doprowadzające do zmiany dowódcy pułku podpułkownika Berlinga i zastępcy dowódcy, podpułkownika Ciechanowicza”Stefan Rowecki, Wspomnienia i notatki autobiograficzne (1906–1939), Czytelnik, Warszawa 1988, s. 81.. Inna wersja mówi, że Berling odszedł z wojska na własną prośbę w czerwcu 1939 po wyroku sądu honorowego dotyczącego sprawy jego rozwodu z drugą żoną (oficerski sąd honorowy uznał jego postępowanie za wyłudzenie majątku żony i zachowanie niegodne honoru oficera)Dr Jarosław Pałka: Zygmunta Berlinga do zdrady popchnęła ambicja, [w: dzieje.pl].. Od 1 lipca 1939 odbywał praktykę w Państwowym Instytucie Rozrachunkowym w Warszawie.
II wojna światowa Kampanię wrześniową 1939 spędził bez przydziału, pomimo kilkakrotnych próśb skierowanych do władz wojskowych nie został zmobilizowany. Wyjechał do Brześcia, a następnie przyjechał do Wilna. Po agresji ZSRR na Polskę, jeszcze przed przekazaniem miasta przez Armię Czerwoną Litwie, 4 października 1939 został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD. Do 1940 więziony był w obozie w Starobielsku. Przebywając tam zdecydował się na współpracę z NKWD.