Gubernator generalny Indii Mornington przybył do kolonii w kwietniu 1798 r. i od razu dowiedział się o negocjowanym sojuszu między Francją a Tipu Sultanem. Rozpoczął więc przygotowania do wojny. Jego pierwszym krokiem było wyparcie z Indii posiłków francuskich. Następnie w lutym 1799 r. Brytyjczycy uderzyli na Mysore, królestwo Tipu Sultana. 4 maja padła jego stolica, Srirangapatna, a Tipu Sultan zginął. W latach 1803–1805 stoczono zwycięską wojnę z państwem Marathów, która utwierdziła brytyjskie wpływy w Indiach. Mornington (kreowany w 1797 r. baronem, a w 1799 r. markizem Wellesley z prawem do zasiadania w Izbie Lordów) dał się także poznać jako dobry administrator. W 1800 r. założył Fort William College. Ze stanowiska gubernatora zrezygnował w 1805 r.
Okres wojen napoleońskich Do Wielkiej Brytanii powrócił tuż przed śmiercią Pitta w 1806 r. Przeciwnicy próbowali oskarżyć go o nadużywanie władzy podczas zarządu nad Indiami, ale potępiające go rezolucje zostały odrzucone w obu izbach parlamentu. W 1809 r. został mianowany ambasadorem w Hiszpanii. Przybył do Kadyksu wkrótce po bitwie pod Talaverą i bezskutecznie usiłował nakłonić władze hiszpańskie do współpracy ze swoim bratem, który dowodził brytyjskim korpusem ekspedycyjnym. Jeszcze w 1809 r.