W 1940 w cerkwi zbudowano drugi ołtarz, poświęcony św. Antoniemu. Uroczystość ku czci tego świętego – od 1939 obchodzona w Rogaczach w dniu 23 lipca (10 lipca według starego stylu) – stała się drugim świętem parafialnym. W czasie walk niemiecko-radzieckich, 23 lipca 1944 w wyniku ostrzału artyleryjskiego zginęła jedna osoba (obecna na nabożeństwie). Cerkiew doznała wtedy niewielkich uszkodzeń.
Bezpośrednio po zakończeniu II wojny światowej, około 500 parafian przesiedlono do ZSRR. Pozostała ludność w tym okresie często padała ofiarą band grabieżczych, tzw. kożuszników. Księgi metrykalne zabrano do Urzędu Stanu Cywilnego w Milejczycach. W latach 50. większość gruntów cerkiewnych przejął Skarb Państwa.
W 1953 odremontowano plebanię i budynki gospodarcze, wykonano też nowe ogrodzenia. W 1954 przeprowadzono częściowy remont cerkwi – odnowiono elewację i wnętrze, założono instalację elektryczną, zmieniono pokrycie dachu (z gontowego na blaszane). W 1960 cerkiew wyposażono w 3 nowe dzwony z Węgrowa. W latach 1977–1978 zbudowano nową, murowaną plebanię.
Od 1993 parafia w Rogaczach wchodzi w skład dekanatu kleszczelowskiego diecezji warszawsko-bielskiej.