Ponieważ podczas rejsu okazało się, że żaglowiec jest bardzo nawietrzny, po powrocie trafił do Stoczni Remontowej w Gdańsku, gdzie dokonano zmiany ustawienia jego masztów.
W sezonie zimowym 1965-1966 statek (pod dowództwem kpt. mar. Zbigniewa Frąszczaka, również oddelegowanego z Marynarki Wojennej) został przebudowany w Szczecińskiej Stoczni Remontowej Gryfia. W miejsce okrągłej rufy typowej dla statków rybackich, wykonano nową rufę z pawężą i nawisem, co „Zawiszy” dało bardziej typową dla żaglowca sylwetkę oraz przedłużyło kadłub o ponad 2 metry. Oprócz tego na fokmaszcie dodano bryfok, zainstalowano dodatkowe zbiorniki wody słodkiej i chłodnię prowiantową, wymieniono silnik z June Munktell 1003MV o mocy 300 KM na Deutsche Werke Kiel 6Mu421 o mocy 390 KM pochodzący z lugrotrawlera „Korab II”, a agregaty prądotwórcze wymieniono na prawie nowe, też przeniesione z lugrotrawlera „Korab. Po dodaniu bryfoka maksymalna powierzchnia żagli wzrosła z 439 do 625 m² (powierzchnia zasadniczego ożaglowania nie uległa zmianie), a przebudowa polepszyła własności morskie żaglowca.