W skład Kapituły Nagrody w kategorii nauk przyrodniczych i ścisłych wchodzą prezes Gdańskiego Oddziału PAN (przewodniczący), prezes Gdańskiego Towarzystwa Naukowego, rektor Uniwersytetu Gdańskiego, rektor Politechniki Gdańskiej, rektor Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, c przedstawiciel Niepublicznych Wyższych Uczelni w Gdańsku, dotychczasowi laureaci Nagrody w kategorii nauk przyrodniczych i ścisłych, przedstawiciel Prezydenta Miasta Gdańska.
Laureaci nagrody
1988 – Prof. dr inż. Edward Borowski – za opracowanie teoretycznych podstaw projektowania chemoterapeutyków do leczenia infekcji grzybowych u chorych na AIDS oraz przeciwnowotworowych leków antrachinowych o zmniejszonej kardiotoksyczności 1989 – Prof. dr hab. Kazimierz Gęba – za odkrycie i zbudowanie nieskończenie wymiarowej teorii kohomotopii 1990 – Prof. dr hab. med. Stefan Angielski – za osiągnięcia badawcze w zakresie hormonalnej regulacji funkcji nerek 1991 – Prof. dr inż. Włodzimierz Prosnak – za osiągnięcia badawcze w zakresie mechaniki numerycznej nt. „Odwzorowanie konforemne obszarów wielospójnych i jego zastosowanie w mechanice płynów” 1992 – Prof. dr hab. Maciej Żylicz – za osiągnięcia naukowe w dziedzinie biologii molekularnej nt.: „Wyjaśnienie molekularnego mechanizmu działania białek szoku termicznego” 1993 – Prof.