Weto uzasadnił potrzebą wprowadzenia czytelnego systemu wyborczego, jednoznacznego określenia ordynacji proporcjonalnej lub mieszanej oraz przeliczania głosów metodą Sainte-Laguë, zniesienia zakazu agitacji w kościołach i obowiązku zaznaczenia przez wyborców personalnych preferencji.
13 czerwca Sejm przyjął weto prezydenta do ordynacji wyborczej. Dwa dni później Sejm uchwalił ordynację, która znosiła zakaz prowadzenia kampanii wyborczej w kościołach oraz jednomandatowe okręgi wyborcze. Senat wprowadził do ordynacji pozostałe cztery postulaty prezydenckie, lecz zostały one odrzucone przez sejm większością 2/3 głosów. 23 czerwca prezydent zapowiedział zawetowanie ustawy o ordynacji. 26 czerwca formalnie Lech Wałęsa podjął decyzję o zawetowaniu ordynacji. Dwa dni później sejm odrzucił weto prezydenta większością (282 głosów za, 100 przeciw i 9 wstrzymujących się) 1 lipca prezydent podpisał ordynację i skierował do sejmu projekty ustaw podtrzymujące wcześniejsze postulaty. Ostateczny koniec sporu wokół ordynacji nastąpił 11 lipca wraz z odrzuceniem przez sejm obydwu propozycji prezydenta.