Jednocześnie do 1945 był szefem Biura Ziem Zachodnich i Północnych w Sztabie Głównym w Londynie oraz Przewodniczącym Wojskowego Trybunału Orzekającego do 1947.
Okres powojenny Po wojnie pozostał na emigracji w Wielkiej Brytanii. Założył dużą farmę pieczarkarską koło Crawley, którą prowadził do 1956 r. W latach 1947–1955 był członkiem III i IV Rady Narodowej Rzeczypospolitej Polskiej. Był doradcą prezydenta na uchodźstwie, jednym z założycieli Koła Generałów i Pułkowników, przewodniczącym Instytutu Spraw Zamorskich i Rady Związków Rolników Polskich oraz innych organizacji. W latach 1956–1959 mieszkał w Outwood (hrabstwo Surrey), a w latach 1959–1968 w Londynie. Ostatnie pięć lat spędził w domu syna w Royal Tunbridge Wells w hrabstwie Kent. Pisał pamiętniki, badał najnowsze dzieje Polski, hodował kwiaty i uprawiał warzywa. Zmarł 24 marca 1973 r. w Tunbridge Wells, pochowany na cmentarzu w Crawley obok żony. W listopadzie 1981 roku jego prochy sprowadzono do Polski – spoczęły na Nowym Cmentarzu w Zakopanem w Kwaterze Legionistów. mały|Grób gen. Mariana Januszajtisa na Nowym Cmentarzu w Zakopanem 3 stycznia 1916 zawarł związek małżeński z Zofią z domu Dąbrowską. Miał dwóch synów, zamieszkałych w Anglii: Jerzego (ur. 4 czerwca 1920) – właściciela firmy inżynierskiej i Marka (ur.