Ławrientij Beria zorganizował w czerwcu 1940 wykład generała dla 150 wyższych oficerów sowieckich o możliwości wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej.
Januszajtis został zwolniony z więzienia po wybuchu wojny z Niemcami, na mocy układu Sikorski-Majski (31 lipca 1941). Za zezwoleniem władz sowieckich zwiedził wiele fabryk, sowchozów i kołchozów, aby zorientować się o istotnym położeniu ZSRR. Rozmawiał z Ilją Erenburgiem, Aleksiejem Tołstojem, wdową po Maksimie Gorkim i innymi osobistościami.
Na wezwanie Władysława Sikorskiego odleciał do Londynu, gdzie od września tego roku został przywrócony do służby (do 1942 pozostawał w dyspozycji Naczelnego Wodza). W Londynie przekazał swoje spostrzeżenia na temat potencjału wojennego ZSRR. Krytycznie oceniał układ polsko-sowiecki, ze względu na brak w nim potwierdzenia polskiej granicy wschodniej. To doprowadziło do konfliktu z gen. Sikorskim. Zamiast odegrania czołowej roli, otrzymał podrzędne stanowiska. W latach 1943–1944 był Inspektorem do Spraw Zarządu Wojskowego Ziem Okupowanych na Zachodzie, przewidzianym na dowódcę wojsk okupujących terytoria, które miały być przyznane Polsce na Zachodzie.