Może trochę pewien siebie – ale pełen przyszłości”..
Dwudziestolecie międzywojenne Od 1 listopada 1918 służył w Wojsku Polskim. Dowódca Okręgu Generalnego „Białystok” w Łapach i dowódca Grupy „Łapy”. Ułatwił tam ewakuację wojsk niemieckich do Prus Wschodnich. Organizator zamachu stanu na rząd Jędrzeja Moraczewskiego przeprowadzonego w nocy z 4 na 5 stycznia 1919, firmowanego przez Eustachego Sapiehę. Mimo początkowego powodzenia zamach po 8 godzinach wygasł, a płk Januszajtis został zawieszony w czynnościach. Po zamachu przeniesiony do rezerwy. 1 lutego 1920 powołany do czynnej służby i mianowany dowódcą Obozu Warownego „Chełmno”. Od 19 marca 1920 do sierpnia 1924 dowódca 12. Dywizji Piechoty w Tarnopolu. Dywizją dowodził podczas wojny polsko-bolszewickiej, wyróżniając się w bitwach pod Mikulińcami, Przemyślanami i Lwowem.
thumb|Marian Żegota-Januszajtis, pocztówka
22 maja 1920 zatwierdzony został z dniem 1 kwietnia tego roku w stopniu pułkownika piechoty, w grupie oficerów byłych Legionów Polskich. 28 lutego 1921 Naczelny Wódz mianował go z dniem 1 kwietnia 1920 generałem podporucznikiem w piechocie, w grupie oficerów byłych Legionów Polskich. 3 maja 1922 zweryfikowany został w stopniu generała brygady ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 i 22.