Był najmłodszym pułkownikiem legionowym – został nim w wieku 26 lat. W lipcu 1916, po odejściu Józefa Piłsudskiego, objął dowództwo I Brygady, sprawował je do kwietnia 1917. W latach 1917–1918 był szefem sztabu Inspektoratu Wyszkolenia Polskiej Siły Zbrojnej oraz wicedyrektorem Komisji Wojskowej. Chcąc ratować od rozpadu choćby część wojska, opowiedział się za złożeniem przysięgi na wierność Niemcom i Austro-Węgrom. Faktycznie kierując Komisją Wojskową stworzył zawiązki przyszłego Sztabu Generalnego Wojska Polskiego i Ministerstwa Spraw Wojskowych.
W czasach legionowych Januszajtis blisko się przyjaźnił z Michałem Żymierskim i mecenasem sztuki prof. Jerzym Mycielskim. Żona regenta Zdzisława Lubomirskiego Maria z Branickich bardzo pozytywnie opisała wrażenie, które odniosła przy pierwszym spotkaniu z Januszajtisem z okazji uroczystego obiadu wydanego na cześć legionistów w Warszawie 8 maja 1917 (na którym obecni byli m.in. Żymierski, Sikorski, Berbecki i Nieniewski)Pamiętnik... s. 499: „najmilszego zachowałam na koniec, młodego brygadiera Januszajtisa. Z krwi Litwin, rodem z Częstochowy – niskie ma czoło, jasne włosy i oczy dobrego syna. Chciało by się go po głowie głaskać – a to bohater ożeniony z bohaterką. Echa jego sławy wplatają się w Karpatach w orle gniazda.