Okres wygnania w Rzymie Biskup Slipyj wziął udział w trzech sesjach soboru watykańskiego II. 23 grudnia 1963 papież Paweł VI nadał mu tytuł arcybiskupa większego i mianował go członkiem Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich. 22 lutego 1965 Paweł VI mianował go kardynałem, nadając mu tytuł prezbitera S. Atanasio. W kolejnych latach uczestniczył Slipyj w watykańskich sesjach Światowego Synodu Biskupów (w latach: 1967, 1969, 1971, 1974, 1977, 1980).

W 1969 dokonał konsekracji bazyliki św. Zofii w Rzymie. Przy tej katedrze zostały zorganizowane wydziały teologii, filozofii i studiów humanistycznych. W 1975 otrzymał godności arcybiskupa większego Kijowa-Halicza (obrządku greckokatolickiego). W 1980 uczestniczył w pracach Synodu Biskupów Ukraińskich w Rzymie, zwołanego przez Jana Pawła II.

W 1972 (po ukończeniu 80 lat) utracił prawo udziału w konklawe i nie uczestniczył w dwukrotnych wyborach papieża w 1978.

W 1977 udziela święceń biskupich w Castel Gandolfo o. Lubomyrowi Huzarowi, Iwanowi Chomie i Stepanowi Czmilowi w tajemnicy i bez zgody papieża.