31 grudnia 1992 przekształcono Polską Żeglugę Bałtycką z przedsiębiorstwa państwowego w spółkę akcyjną.
Od 1997 firma wprowadziła procedury Międzynarodowego Kodeksu Zarządzania Bezpieczną Eksploatacją Statków i Zapobieganiu Zanieczyszczeniom – tzw. ISM Code, oraz uzyskała certyfikat ISO 9002. Pełne wdrożenie ISM Code nastąpiło w 1998 roku. Rok 2001 był okresem gruntownej restrukturyzacji finansowej i organizacyjnej firmy – ze struktury przedsiębiorstwa wyłączono oba terminale promowe (w Świnoujściu i Gdańsku) oraz sprzedano nowoczesny prom HSC Boomerang.
Prywatyzacja Od jesieni 2009 Ministerstwo Skarbu Państwa próbuje sprzedać akcje przedsiębiorstwa. Początkowo bez wielkich efektów, w 2. połowie 2010 roku zaawansowane negocjacje prowadzone były z duńskim przedsiębiorstwem promowym DFDS. Przedstawiciel potencjalnego nabywcy mówi o 91–92 proc. pakiecie akcji.