Pod koniec 1989 przeniósł się do katolickiego czasopisma „Ład”.
W styczniu 1966 rozpoczął pracę w dziale Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych, gdzie tłumaczył książki z języka węgierskiego, hiszpańskiego i albańskiego.
Według publicysty Marcina Kowalskiego z „Gazety Wyborczej” w jednej ze swoich książek skrytykował prymasa Węgier Józsefa Mindszentyego za antyradziecki nacjonalizm i pochwalił imponujące sukcesy komunistycznych władz węgierskich. W styczniu 1972 obronił w PISM pracę doktorską o Węgrzech (PISM w 1972 uzyskał prawo nadawania stopnia doktora, z którego jako pierwszy skorzystał Jerzy Robert NowakGrzegorz Sołtysiak, Historia Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych w latach 1947–1993 – pierwsze przybliżenie, „Polski Przegląd Dyplomatyczny”, 2008 nr 2, s. 93–124.), a w 1989 pracę habilitacyjną. W PISM pracował do 1992
Od 1 lutego 1972 do 1 lipca 1974 pracował w Ambasadzie PRL w Budapeszcie jako drugi sekretarz. Po konflikcie z ambasadorem Jerzym Zielińskim zakończył pracę w ambasadzie i wrócił do PISM. Jak twierdzi Nowak, jego odejście z węgierskiej placówki miało związek z odmową wstąpienia do PZPR.
W 1978 opublikował wybór myśli Cypriana Kamila Norwida Gorzki to chleb jest polskość i wybór pism gen.