Przesłuchujący go śledczy próbował wymusić na nim zeznania siłą, interpretując jego milczenie jako upór. W 1840 roku powrócił do Warszawy, gdzie zamieszkał w kamienicy przy ul. Krakowskie Przedmieście 371, należącej do Klary Pawłosiewicz. W 1867 r. grupa kamienic, do której należał dom nr 371, została rozebrana. Obecnie w tym miejscu znajduje się skwer im. Herberta Hoovera. W 1843 roku przeniósł się na ulicę Miodową. Był to czas intensywnego udziału w wystawach oraz rozwinięcia prac o tematyce rodzajowej, osobliwie przedstawień tzw. ciemnych typów we wnętrzach warszawskich kawiarni. Janusz Maciej Michałowski, historyk sztuki i badacz twórczości Pęczarskiego, w artykule pt. Feliks Pęczarski w Płocku stawia hipotezę, że malarz nie wyrobił sobie w tamtym czasie klienteli na portrety, wobec czego sytuacja wymuszała na nim malowanie obrazów gotowych do sprzedania nieznanemu odbiorcy. Teorię mogą potwierdzać ogłoszenia z tamtych czasów, zdające się mieć na celu wzbudzenie litości bądź zaciekawienie kalectwem malarza. Michałowski zauważa też, że Pęczarski nie brał udziału w życiu artystycznym stolicy, był osobą skromną. Do 1847 roku przeniósł się do Włocławka. Z tego roku pochodzą portrety małżeństwa Rutkowskich, właścicieli Szpetala Górnego.