Rzymianie odbudowali zniszczone w działaniach wojennych, a także rozbudowali zrujnowane miasto, które następnie odgrywało istotną rolę w epoce cesarstwa rzymskiego, kiedy powstawały tam (nie zachowane jednak do dziś) ważne budowle publiczne (teatry, łaźnie i świątynie). Hierapytna przeżywała też i później rozkwit w czasach bizantyjskich. Wprawdzie w IX wieku miasto zniszczono (824 n.e.) podczas najazdów arabskich, najpewniej jednak odbudowano w następnym okresie władzy bizantyjskiej, a ponownie odżyło w czasach rządów Wenecjan (1. poł. XVI w.) i Turków, do 1870 pełniąc funkcję stolicy wschodniej Krety jako Yerepetre – niewielkie prowincjonalne miasto osmańskiego imperium.
W historii nowożytnej miejscowość utrwaliła się chwilowym pobytem Napoleona Bonaparte, który według tradycyjnego lokalnego przekazu, w czerwcu 1798 pojawił się (rzekomo dla zaopatrzenia w słodką wodę) w asyście kilku marynarzy u miejscowego notariusza, który go nie rozpoznał i nieświadomy ugościł w swym domu. Swą tożsamość wódz Francuzów miał ujawnić później pozostawioną mu wiadomością pisemną.