XIX wiek i przełomowe zmiany W XIX wieku nastąpiły istotne zmiany, gdy Czernikowo, wraz z innymi wsiach, zostało objęte reformami rolnymi, w tym uwłaszczeniem chłopów. W tym okresie pojawiły się także nowe osady, kolonie i przysiółki, takie jak Liciszewy, Makowska, Wilcze Kąty czy Jaźwiny. W drugiej połowie XIX wieku Czernikowo i Steklin przeszły w ręce rodu Nałęczów, a później Zielińskich, którzy wybudowali dwór w Czernikowie.
XX wiek: wojny i odbudowa W czasie I wojny światowej, w 1915 roku, Czernikowo zostało zajęte przez wojska niemieckie. Powstała wówczas Polska Katolicka Szkoła Ludowa. Wkrótce po wojnie rozpoczęto rozwój infrastruktury, m.in. wybudowano linię kolejową wąskotorową, a później także kolej szerokotorową. W okresie międzywojennym, w 1939 roku, Czernikowo stało się miejscem tragicznych wydarzeń związanych z II wojną światową. Po wybuchu wojny 4 września 1939 roku stacja kolejowa została zbombardowana, a ludność cywilna została deportowana lub wysiedlona do Niemiec. Po wojnie rozpoczęto odbudowę, a w 1945 roku zrealizowano krzyż dziękczynny i rozpoczęto budowę szkoły.