Z tego okresu pochodzi także informacja o murowanym kościele gotyckim w Czernikowie oraz drewnianym kościele w Mazowszu.
Osadnictwo "olęderskie" W XIV i XV wieku na terenach nadwiślańskich osiedliła się społeczność olęderska – wyznawcy protestantyzmu (m.in. menonici i baptyści), którzy przybyli z północno-zachodniej Europy. Ich osadnictwo w regionie charakteryzowało się wysoką kulturą rolną, a nowe osady powstawały w rejonie Woli, Osówki, Witowąża oraz Włęcza.
XVII i XVIII wiek Okres potopu szwedzkiego (1655-1660) miał tragiczne konsekwencje dla mieszkańców Czernikowa i okolic. Grabieże, gwałty, epidemie i głód spowodowały wyludnienie wielu wsi. W Zębowie do dziś znajduje się pomnik upamiętniający ofiary epidemii z 1658 roku. Po wojnach napoleońskich ziemie gminy Czernikowo weszły w skład Królestwa Polskiego, będącego pod zaborami rosyjskimi. Administracyjnie Czernikowo znalazło się w guberni płockiej i powiecie lipnowskim.