W 1962 kadra akademicka i studenci Harvardu zorganizowali spotkanie, podczas którego poddali krytyce badania Learego i Alperta, zarzucono im, że ich projekt jest skoncentrowany wyłącznie na doświadczaniu, a nie na werbalizacji i analizie rezultatów. Krytykowano również atmosferę kultu, która wytwarzała się dookoła Learego. Pod wpływem dyskusji Leary zgodził się na wprowadzenie pewnych restrykcji w swoich eksperymentach. Na spotkaniu był obecny dziennikarz czasopisma akademickiego 'Crimson', który opublikował następnie artykuł na ten temat. Publikacja wywołała skandal. Pod koniec 1962 roku Leary i Alpert pod wpływem ograniczeń na ich badania narzucanych przez Harvard zdecydowali o przerwaniu eksperymentów na uczelni i stworzeniu nowej niezależnej organizacji, która miała je prowadzić - International Federation for Internal Freedom.
W 1961 przeprowadził eksperyment w więzieniu Concord, w którym podawano psylocybinę więźniom, by zbadać prawdopodobieństwo recydywy. Członkowie grupy, która otrzymała środek wg badaczy rzadziej trafiali ponownie do więzienia, niż członkowie grupy kontrolnej. Rzetelność metodologii tych badań została jednak zakwestionowana.