W 1863 r. okolice Skały były ośrodkiem działalności i walk oddziałów powstańczych, początkowo Apolinarego Kurowskiego, który założył obóz wojskowy w pobliskim Ojcowie, a następnie gen. Mariana Langiewicza, którego oddział w nocy z 4 na 5 marca 1863 r. zaatakował stacjonujących na skalskim cmentarzu Rosjan. W Bitwie pod Skałą poległo 23 powstańców, wśród nich Ukrainiec, a zarazem oficer rosyjski kpt. Andrzej Potebnia. Wszyscy zostali pochowani na cmentarzu, a 1953 r. ich doczesne szczątki zostały z honorami przeniesione do Pieskowej Skały i tam złożone w symbolicznej mogile.
Wskutek reformy administracyjnej w Królestwie Polskim w 1870 r., Skała utraciła prawa miejskie, a siedziba gminy przeniesiona została do pobliskiej wsi Minoga.
Na przełomie XIX i XX wieku liczyła 2823 mieszkańców, z czego 87,6% stanowili katolicy, 12% Żydzi, a niecałe 0,5% Rosjanie. W tym czasie zaczynały się pojawiać w osadzie liczne instytucje i organizacje o charakterze społecznym. Były to m.in. ochronki i towarzystwa opiekuńcze, stacja pocztowa, apteka, księgarnia, ochotnicza straż pożarna, szkoły, biblioteka, towarzystwo kredytowe. Od ok. 1885 r. istniała Orkiestra Włościańska.