W 1794 r. po bitwie racławickiej Tadeusz Kościuszko rozkazał założyć obóz wojskowy, który miał za zadanie zabezpieczyć komunikację w północnej części województwa, między Krakowem a granicą pruską. 18 maja 1794 roku doszło do bitwy z wojskami pruskimi, które przejściowo zajęły obóz i miasto. Po III rozbiorze Rzeczypospolitej Skała znalazła się na krótko pod panowaniem austriackim. Od 1809 r. należała do Księstwa Warszawskiego, po czym decyzją kongresu wiedeńskiego w 1815 roku włączono ją do Królestwa Polskiego, zależnego od Rosji.
Wiek XIX był okresem spadku znaczenia miasta. Oddzielenie Skały od Krakowa granicą państwową doprowadziło do zerwania wielowiekowych tradycji gospodarczo-handlowych między oboma miastami. Pozostając na uboczu nowych szlaków komunikacyjnych i dokonujących się przemian gospodarczo-społecznych, miasto, pomimo wzrostu liczby mieszkańców, nie rozwijało się – w XIX w. nie powstał żaden duży zakład przemysłowy.