Odpowiedzialność karna Od 1995 zasiadał, obok m.in. gen. Wojciecha Jaruzelskiego na ławie oskarżonych w procesie o sprawstwo kierownicze masakry na Wybrzeżu w 1970. W 2013 został nieprawomocnie uniewinniony z zarzutu kierowniczego sprawstwa zabójstwa. 30 czerwca 2014 Sąd Apelacyjny w Warszawie podtrzymał decyzję sądu niższej instancji. Tym samym wyrok stał się prawomocny. 16 kwietnia 2015 Sąd Najwyższy uwzględnił kasację prokuratury w tej sprawie i uchylił wyrok, przekazując jednocześnie sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Stanisław Kociołek nazywany był niekiedy, w związku z rolą jaką odegrał podczas wydarzeń na Wybrzeżu w grudniu 1970, „katem Trójmiasta”, określenie to stworzył Krzysztof Dowgiałło – autor piosenki Ballada o Janku Wiśniewskim, w oryginalnym wykonaniu Mieczysława Cholewy.
...Jeden raniony, drugi zabity, Krwi się zachciało słupskim bandytom. To Partia strzela do robotników. Janek Wiśniewski padł. Krwawy Kociołek to kat Trójmiasta, Przez niego giną dzieci, niewiasty, Poczekaj draniu – my cię dostaniem! Janek Wiśniewski padł...Fragment piosenki „Ballada o Janku Wiśniewskim” autorstwa Krzysztofa Dowgiałły..