Zwycięska obrona przyniosła mu awans do stopnia generała porucznika, Order Imperium Brytyjskiego, polski Order Wojenny Virtuti Militari V klasy oraz, od marca 1942 roku, dowodzenie australijskimi wojskami na Bliskim Wschodzie, które przejął od generała Thomasa Blameya.
W tej roli dowodził swymi oddziałami podczas I bitwy pod El Alamein w lipcu i II bitwy pod El Alamein w dniach od 23 października do 5 listopada 1942 roku. W tej ostatniej, stanowiącej punkt zwrotny kampanii północnoafrykańskiej, Australijczycy wykazali się bohaterstwem, ponosząc po raz kolejny duże straty osobowe. Generał Morshead zaś, w uznaniu zasług, został Komandorem Orderu Łaźni.
W lutym 1943 roku 9 Dywizja i jej dowódca powrócili do Australii. W marcu Leslie Morshead został mianowany dowódcą II Korpusu australijskiego, skierowanego do działań na Dalekim Wschodzie. Jako jego dowódca wziął udział w walkach na Nowej Gwinei w końcu 1943 roku, w międzyczasie obejmując dowództwo 2. Armii australijskiej. W maju 1944 roku został dowódcą I Korpusu, walcząc z nim na Borneo.