Po wybuchu II wojny światowej powrócił do czynnej służby w Australian Imperial Force, zostając dowódcą 18 Brygady, która w maju 1940 roku została wysłana do Wielkiej Brytanii. Australijscy żołnierze byli tam poddani szkoleniu, odgrywając przy tym ważną rolę w systemie obrony wyspy na wypadek inwazji niemieckiej. Pod koniec 1940 roku zapadła decyzja o wysłaniu 18 Brygady na Bliski Wschód. Dotarła ona do Aleksandrii 31 grudnia, wchodząc w skład 9 Dywizji australijskiej. W tym czasie dotychczasowy dowódca dywizji, generał major Henry Wynter, poważnie zachorował. W konsekwencji został odesłany do Australii, zaś na jego miejsce powołano 29 stycznia 1941 roku Lesliego Morsheada, w stopniu generała majora.
9 Dywizja, niedostatecznie wyposażona i częściowo niedoszkolona, została w związku ze złą sytuacją na froncie północnoafrykańskim skierowana do Cyrenajki. W kwietniu 1941 roku wycofano ją do Tobruku, gdzie generał Morshead objął dowództwo obrony twierdzy. Jego żołnierze, w sierpniu wzmocnieni między innymi Polakami z Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich, obronili Tobruk pomimo poważnych strat w ludziach. Ostatecznie Australijczycy zostali zastąpieni w polu dywizją brytyjską, zaś sam Leslie Morshead opuścił twierdzę 22 października 1941 roku.