Ogień wybuchł w warsztatach tkaczy i w ciągu krótkiego czasu rozszerzył się na całe, zbudowane podówczas prawie wyłącznie z drewna miasto.
Dzieje nowożytne mały|lewo|Panorama Słupska na mapie Lubinusa, XVII wieku Do czasów reformacji mieszkańcy Słupska wyznawali katolicyzm – w mieście nie przetrwały tradycyjne wierzenia Pomorzan. W początkach XVI wieku doszło w mieście do zaburzeń na tle społecznym i religijnym. Najostrzejszą formę przybrały one w latach 1524–1525, gdy zbezczeszczono kościół pw. NMP. Większość mieszkańców miasta przyjęła wówczas luteranizmTadeusz Białecki, Herby miast Pomorza Zachodniego, Wyd. „Polskie Pismo i Książka”, Szczecin 1991..
W XVII i XVIII miasta nie ominęły wojny. W 1630 roku podczas wojny trzydziestoletniej do Słupska wkroczyli Szwedzi. Miasto zostało obciążone kontrybucjami i kosztami zakwaterowania wojsk, a rabunki, epidemie i pożar pogłębiły jeszcze kryzys. W trakcie wojny, w 1637 roku, wygasła miejscowa dynastia Gryfitów. Pomorze Zachodnie zdołało zachować samodzielność do 1648 roku, tj. do zawarcia pokoju westfalskiego. Ostatecznie w 1653 miasto wraz ze wschodnią częścią księstwa w znalazło się w granicach państwa brandenbursko-pruskiego, przekształconego w 1701 roku w Królestwo Prus.