W stanie dzikim żyje na Słowacji 78 gatunków ssaków, w tym najwięcej (41) – w lasach. Są wśród nich wszystkie największe drapieżniki Środkowej Europy: niedźwiedź brunatny, wilk szary, ryś euroazjatycki, żbik europejski, wydra europejska. Szczególnej ochronie podlegają dwa gatunki wysokogórskie: kozica północna i świstak tatrzański oraz 22 gatunki nietoperzy, a także niektóre inne rzadkie gatunki, jak endemiczna darniówka tatrzańska czy smużka leśna.
Spośród bezkręgowców należy wymienić ponad 3500 gatunków motyli, z czego znaczna część związana jest z występującymi głównie na południu kraju ciepłolubnymi zespołami roślinnymi.
Hydrologia
Słowacja ma gęstą sieć rzeczną, której 96% należy do zlewni Dunaju (zlewisko Morza Czarnego), a pozostałe 4% – do zlewni Wisły (zlewisko Morza Bałtyckiego). Największe rzeki Słowacji (według przepływu) to: Dunaj, Wag (Váh), Hron, Morawa (Morava), Bodrog, Latorica, Laborec, a najdłuższe – Wag (Váh; 403 km), Hron (284 km), Ipola (Ipeľ; 232 km), Nitra (197 km), Hornad (Hornád;