Spośród kręgowców występują na terenie Słowacji 3 gatunki z rodziny minogowatych. Na 61 stwierdzonych gatunków ryb jest 45 żyjących w wodach płynących, 9 w wodach stojących, 5 w potokach górskich i 2 w zarastających zbiornikach wodnych na bagnach i mokradłach. Do tych ostatnich należy rzadka muławka bałkańska, występująca m.in. na Wyspie Żytniej na Dunaju.
Fauna płazów liczy 18 gatunków. Gady reprezentuje 12 gatunków, wśród nich żółw błotny, największy wąż środkowoeuropejski – wąż Eskulapa, jaszczurka zielona i okularowiec panoński (typowy przedstawiciel fauny bałkańskiej).
Awifauna Słowacji obejmuje 315 gatunków, z czego 204 gatunki gniazdujące. Spośród nich 127 gatunków związanych jest z biotopami wodnymi, a 124 gatunki z lasami. Wśród gatunków zamieszkujących stepy i rozległe nizinne pastwiska jest jeden z największych i najbardziej zagrożonych ptaków Europy – drop wielki (ok. 300 osobników), gniazdujący m.in. na Wyspie Żytniej.