Konflikty pojawiały się także między samym premierem a działaczami jego rządu. Mechanizm kontroli płac oraz wysokość kursu złotego, a także zbyt szybkie tempo przygotowania pakietu ustaw gospodarczych doprowadziło do konfliktu między T. Mazowieckim a Leszkiem Balcerowiczem. Premier nie był zadowolony ze zbyt dużej samodzielności tego ostatniego i jego dążenia do narzucenia swej woli innym. L. Balcerowicz z kolei nie był przychylny długim debatom i nieefektywności pracy premiera. Do kolejnego sporu między nimi doszło w związku ze sprawą listu intencyjnego do Międzynarodowego Funduszu Walutowego. Chociaż ten konflikt także udało się rozwiązać, zaowocował on długotrwałą wzajemną niechęcią obu jego uczestników.
Rząd Tadeusza Mazowieckiego złożył dymisję 25 listopada 1990, nazajutrz po porażce Tadeusza Mazowieckiego w wyborach prezydenckich. Sejm przyjął dymisję rządu 14 grudnia 1990. 22 grudnia 1990 zakończył działalność ostatni rząd emigracyjny, który uznał rząd Tadeusza Mazowieckiego za prawowity rząd Polski.