Zastosowanie wirtualnego systemu plików powoduje, że program stosuje te same wywołania systemowe niezależnie od systemu plików.
Do najbardziej podstawowych wywołań systemowych należą: otwieranie pliku (open) zamykanie pliku (close) tworzenie pliku (create) usuwanie pliku (unlink) tworzenie katalogu (mkdir) usuwanie katalogu (rmdir) czytanie z pliku (read) pisanie do pliku (write)
Hierarchia systemu plików
Prymitywne systemy plikowe posiadały jedną listę plików wchodzących w skład systemu plików. W miarę postępu systemy plików zostały unowocześnione i współczesne systemy plików oprócz głównej listy (katalogu głównego) zawierają także podlisty (podkatalogi) które również mogą zawierać dalsze podlisty (podkatalogi). W ten sposób rozwinęło się pojęcie katalogów nadrzędnych oraz katalogów podrzędnych.
Katalog, w którym znajduje się plik jest nadrzędny (bezpośrednio) względem tego pliku. Katalog jest podrzędny (bezpośrednio) względem innego katalogu w którym się znajduje.
W ten sposób powstało pojęcie drzewiastej hierarchii systemu plików, w której każdy katalog może zawierać podkatalogi, które mogą zawierać dalsze podkatalogi.