Dyskowy system plików część pamięci wykorzystuje na tzw. sektor rozruchowy (boot sector), który nie stanowi zasadniczej części systemu plików i jest używany do rozruchu systemu. Ponadto systemy plików przechowują listy wszystkich klastrów (oraz informacje do których plików one należą) w tzw. tablicach alokacji.
Przykład alokacji w linuksowym systemie plików ext2:
Blok rozr. grupa bloków 0 grupa bloków 1 grupa bloków 2 grupa bloków 3 … grupa bloków n
Struktura grupy bloków (n – liczba bloków):
... grupa bloków 1 Superblok (1) Deskryptory grupy (n) Mapa bitowa bloków z danymi (1) Mapa bitowa i-węzłów (1) Tablica i-węzłów (n) Bloki z danymi (n) grupa bloków 3 ...
Podstawowe operacje Jeżeli program chce wykonać jakąś operację na pliku robi to poprzez system plików. W systemie Unix oraz jego pochodnych takie operacje realizowane są za pomocą wywołań systemowych. Wywołania te są przechwytywane przez wirtualny system plików (VFS), odpowiednio przetwarzane i kierowane do zasadniczego systemu plików.