Champ Car Po zakończeniu przygody z Formułą 1 da Matta powrócił w 2005 roku do Ameryki ścigać się w serii CART, a właściwie serii Champ Car, bo taką teraz nosiła nazwę. Dla zespołu PKV Racing, w którym wystartował, odniósł pierwsze zwycięstwo i zajął na koniec w klasyfikacji 11. miejsce. Sezon 2006 rozpoczął w zespole Dale Coyne Racing, ale po czterech wyścigach pojawiła się możliwość startów w silniejszej ekipie RuSPORT, z której skorzystał. W barwach nowego zespołu zdołał wystartować jednak zaledwie w pięciu wyścigach, ponieważ jego starty przerwał poważny wypadek.
Wypadek 3 sierpnia 2006 roku, podczas testów na torze Road America, da Matta miał groźny wypadek. Pomiędzy zakrętami numer 5 i 6 zderzył się z jeleniem przebiegającym przez tor. Zwierzę zostało uderzone prawym przednim kołem bolidu, a następnie wpadło do kokpitu uderzając w da Mattę, który stracił przytomność. Kierowca został przetransportowany helikopterem do szpitala i poddany operacji usunięcia krwiaka z mózgu, a następnie umieszczony w sztucznie wywołanej śpiączce. Jego stan poprawiał się powoli ale systematycznie i 20 sierpnia Cristiano da Matta został przeniesiony z oddziału intensywnej terapii, a 21 września ostatecznie opuścił szpital.