Genetyka Diploidalna liczba chromosomów u tego gatunku wynosi 2n = 26. Zwraca uwagę łatwo rozpoznawalna 10. para chromosomów. Genom żaby jeziorkowej wchodzi również w skład diploidalnego lub triploidalnego genomu żaby wodnej, przy czym u mieszańców diploidalnych genom pochodzący od żaby jeziorkowej zdaje się wywierać większy wpływ na morfologię hybryd niż genom żaby śmieszki. Zjawisko to obserwuje się również u triploidów (wpływ L w LLR jest większy niż R w RRL). Rozpowszechniona jest opinia, że genomy obu gatunków macierzystych nie ulegają rekombinacji, jednak obserwowano ją już u hybrydowych żab zielonych (wedle części autorów, jak Graaf i Polls-Pelaz, ogranicza się do systemu R-E). Pomimo tego najważniejszych sposobem rozrodu mieszańców pozostaje hemiklonalna hybrydogeneza.
Nie znaleziono w genomie alleli null, o ich obecność podejrzewano tylko jednego osobnika. Może to jednak świadczyć, że występują bardzo rzadko.