W kwietniu 1893 roku dokonał wraz z kilkoma innymi działaczami przewrotu w Lidze Polskiej i stworzył Ligę Narodową, na czele której stanął. W sierpniu tegoż roku, za współorganizowanie manifestacji narodowej w setną rocznicę Konstytucji 3 Maja, Dmowski po 4 miesiącach aresztu w Cytadeli został zesłany poza obszar Kongresówki, do Mitawy. W lutym 1895 roku uciekł stamtąd i osiadł we Lwowie, gdzie objął redakcję dwutygodnika „Przegląd Wszechpolski” oraz współtworzył Stronnictwo Narodowo-Demokratyczne. W 1896 roku na Zjeździe Rady Głównej Ligi Narodowej w Budapeszcie wszedł w skład Rady Głównej Ligi Narodowej. Członek korespondent Towarzystwa Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswilu od 1897 rokuSprawozdanie z Zarządu Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswylu za Rok ...., 1899, s. 8.. W 1901 roku zamieszkał w Krakowie. W 1902 r. ukazywał się w „Przeglądzie Wszechpolskim” cykl jego artykułów pt. Myśli nowoczesnego Polaka. Natomiast rok później wydał książkę Myśli nowoczesnego Polaka, będącą – jak sam po latach stwierdził – „wyznaniem wiary narodowej”.