Ponownie wybrany do III Dumy w październiku 1907 roku w lutym 1909 roku złożył mandat, gdy został przegłosowany na posiedzeniu partii.
W wyniku serii rozłamów w latach 1907–1911 endecja utraciła wpływ na młode pokolenie, jednak Dmowski zadecydował o utrzymaniu kursu pojednania z Rosją. Częściowo pomagał mu fakt, iż znaczna część społeczeństwa polskiego pod zaborem rosyjskim skierowała swe emocje przeciw Ukraińcom i Żydom. Organizacyjne i wyborcze sukcesy Narodowi Demokraci przeżywali w zaborze pruskim, zakładając swe struktury w 1909 roku w Poznaniu, a w 1911 na Pomorzu. Miejscem niepowodzeń endecji była natomiast Galicja, gdzie przegrywali ze stronnictwem konserwatystów i organizacją Wincentego Witosa.
W owym czasie Dmowski i inni członkowie jego organizacji deklarowali, iż Żydzi szkodzą interesom Polski i Rosji, co doprowadziło do jego porażki w wyborach warszawskich do IV Dumy w 1912 roku. Powodem przegranej było masowe poparcie licznej żydowskiej społeczności Warszawy, która wsparła Jagiełłę, wówczas mało znanego kandydata PPS – Lewicy. W odpowiedzi Dmowski zażądał ekonomicznego bojkotu przeciwko przedsiębiorstwom i zakładom żydowskim.