Analizy sugerujące bazalną pozycję mahakali wskazują, że krótkie kończyny przednie były prawdopodobnie stanem wyjściowym dla Dromaeosauridae, a skrócenie kończyn, które zaszło w innych liniach ewolucyjnych dromeozaurów, jest wynikiem konwergencji. Analiza przeprowadzona przez Sentera i współpracowników (2012), oparta na innej macierzy danych, niż analizy Turnera i in., sugeruje inną pozycję filogenetyczną Mahakala – według niej takson ten należy do kladu Unenlagiinae, a jego najbliższym znanym krewnym jest krótkoręki Austroraptor.
Paleoekologia i paleobiologia Tereny formacji Dżadochta były w okresie późnej kredy pokryte półpustyniami z wydmami i aluwiami. Znajdowały się tam strumienie okresowe, występowały też pory roku: sucha i deszczowa, a także burze piaskowe. Odkryto tam liczne zwierzęta lądowe, takie jak żółwie, krokodyle, jaszczurki, ssaki oraz różne dinozaury. Zwierząt wodnych, takich jak ryby, nie odnaleziono. Większość tamtejszej fauny była niewielkich lub średnich rozmiarów.