Autapomorfie tego rodzaju obejmują cechy budowy kości: łokciowej, udowej, biodrowej oraz kręgów ogonowych. Podobnie jak u archeopteryksa i zaawansowanych dromeozaurów, jednak w przeciwieństwie do bazalnych troodontów i innych dromeozaurów, trzecia kość śródstopia nie była spłaszczona, sugerując, że wersja niespłaszczona jest bardziej plezjomorficzna. Jedną z cech charakterystycznych mahakali są bardzo krótkie kończyny przednie – kość ramienna stanowi zaledwie około 50% długości kości udowej, znacznie mniej niż u większości innych dromeozaurów (z wyjątkiem Austroraptor i Tianyuraptor).
Klasyfikacja Analizy filogenetyczne przeprowadzone przez Turnera i współpracowników (2007, 2011) wykazały, że Mahakala jest najbardziej bazalnym znanym dromeozaurem. Ich wyniki, podobnie jak niewielkie rozmiary teropodów znajdujących się u podstawy linii ewolucyjnej Paraves sugerują, że niewielkie rozmiary nie były innowacją wczesnych ptaków i występowały pospolicie u bazalnych Paraves. Podobnie jak ptaki, nie wszystkie troodonty i dromeozaury były niewielkie – niektóre formy osiągały znaczące rozmiary. Mahakala wykazuje również kombinację cech spotykanych u bazalnych troodontów i ptaków, a niewystępujących u bardziej zaawansowanych dromeozaurów.